El Centro ha tratado de mantener una buena representación de proyectos en el sur de Chile, es así como varios de estos proyectos se basan en las especies de mamíferos marinos más carismáticas y más representativas de los ambientes en donde trabaja. Todos estos proyectos tienen como fin conocer la situación de las poblaciones de estos mamíferos, las características propias de estas poblaciones y la relación que poseen con el medio, donde se nacen, se crían, reproducen y se alimentan, Así mismo busca conocer más acerca de las relaciones que tienen estos animales y sus ecosistemas con las actividades productivas humanas y de esta forma poder avanzar en la búsqueda de alternativas y desarrollo de estrategias para la conservación. .
